土地売却でかかる税金とは？税率や控除を解説

土地を売却するときに知っておきたいのが税金の仕組みについてです。所有期間や売却金額によっては税負担が大きくなることもあるため、売却前からどれくらいの税金がかかるのかよくシミュレーションしておく必要があります。

ここでは、土地売却でかかる税金の種類や税率について解説します。税負担を抑える控除や特例についても紹介しますので、土地売却を検討する際の参考にしてください。

1. 土地売却でかかる主な税金の種類

土地売却では、主に「所得税・住民税」「登録免許税」「印紙税」の税金がかかります。それぞれくわしく解説していきましょう。

1-1.所得税・住民税

土地売却によって得た利益は、「譲渡所得」として所得税や住民税の課税対象となります。譲渡所得では「分離課税」が用いられているため、給与など他の所得とは分けて税金が課される仕組みです。

譲渡所得に適用される税率は、土地を所有していた期間によって異なります。本記事で後述していますので、併せて参考にしてください。

1-2.登録免許税

登記の内容を変更する際には、登録免許税が発生します。

売却によって抵当権抹消を伴う場合は、不動産ごとに1,000円の登録免許税がかかります。たとえば戸建ての場合、土地と不動産で合計2,000円の登録免許税を納める仕組みです。

金額はそれほど大きくないものの、不動産ごとに税金が発生する点や、司法書士に依頼する場合は別途報酬が発生する点に注意が必要です。

1-3.印紙税

売買契約書を締結するときには、印紙税がかかります。契約書に記載された金額によって税額が定められており、契約金額が大きくなるほど税額も大きくなる仕組みです。

たとえば、契約金額が500万円超1,000万円以下の場合、通常は1万円の印紙税がかかりますが、2027年3月31日までは軽減税率が適用されて5,000円の税額となっています。

2. 譲渡所得の計算方法【基本式】

土地売却時にかかる所得税や住民税は、譲渡所得をもとに課税されます。ただし、売却時に受け取ったお金がそのまま譲渡所得になるわけではありません。
ここでは、譲渡所得の算出方法を確認していきましょう。

2-1.譲渡所得の計算式

土地を売却した際の譲渡所得は、下記の式によって算出されます。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）

譲渡所得を算出する際は、売却価格から取得費や譲渡費用を差し引くことができます。

では、取得費や譲渡費用とは具体的にどのような費用を指すのでしょうか。続いての章でくわしく解説していきます。

2-2.取得費とは？

取得費とは、売却した土地を取得したときにかかった費用です。購入代金のほか、仲介手数料も取得費として計上することができます。

また、取得費が売却価格の5％に満たない場合は、売却価格の5％相当額を取得費として計上することが認められています。

なお、「祖父から受け継いだ土地で購入したときの価格が分からない」といった場合なども、売却価格の5％を取得費として計上することが可能です。たとえば、1,000万円で売却した土地の取得費用が不明の場合、50万円を取得費として計上できます。

2-3.譲渡費用とは？

譲渡費用とは、土地を売却するにあたって発生した費用のことです。具体的に、下記のような費用が挙げられます。

• 不動産会社へ支払う仲介手数料
• 土地を売却するために行った測量の費用
• 建物を取り壊して土地を売却した際の取り壊し費用　など

3.【短期・長期】所有期間で変わる税率

譲渡所得に適用される税率は、所有期間が5年を超えるかどうかで異なります。所有期間を判断する基準は、売却した年の1月1日です。

ここからは、譲渡所得に適用される具体的な税率を確認していきましょう。

3-1.短期譲渡所得（所有期間5年以下）

所有期間5年以下の場合は「短期譲渡所得」とみなされ、所得税30％、住民税9％が適用されます。
短期譲渡所得では、所得税と住民税で約40％の税金が課されるため、税負担が大きいことが特徴です。仮に譲渡所得が1,000万円の場合、税金だけで400万円がかかる計算です。
もし売却を急がない場合は、所有期間が5年を超えるまで待つのもひとつの方法といえます。

3-2.長期譲渡所得（所有期間5年超）

所有期間5年超の場合は「長期譲渡所得」とみなされ、所得税15％、住民税5％が適用されます。所得税と住民税で合計20％となるため、短期譲渡所得に比べて税負担がおよそ半分に抑えられる計算です。

なお、相続や贈与によって取得した土地を売却する場合、被相続人や贈与者の所有期間がそのまま引き継がれます。そのため、自身が引き継いでから間もない土地であっても、長期譲渡所得の税率が適用される可能性があります。

4.土地売却で使える主な税金の特例・控除

土地売却では、税負担を軽減するための特例や控除が設けられています。ここでは、主なものを3つ紹介していきましょう。

4-1.3,000万円特別控除（居住用財産）

マイホームを売却したときは、所有期間の長さに関わらず譲渡所得から最高3,000万円を控除できる特例が定められています。最高3,000万円というまとまった金額を控除できるため、税負担を大きく軽減できる制度です。

対象となるのは、現在自分が住んでいる家屋や以前住んでいた家屋などで、短期間で売却したときでも税負担を抑えられるメリットがあります。

ただし、親子間や夫婦間での売買は対象外となる点や、住まなくなってから一定期間を経過した家屋については対象外となるため注意が必要です。

4-2.軽減税率の特例

所有期間が10年を超えるマイホームを売却した場合は、軽減税率の特例の適用を受けることができます。この軽減税率では譲渡所得に対して10％の税率が適用され、長期譲渡所得よりも税負担を抑えられることが特徴です。

また、前述の3,000万円の特別控除とも併用できるため、長年住んだマイホームを売却するときに便利な税制です。

4-3.相続した土地の取得費加算の特例

相続によって取得した土地を一定期間に売却した場合は、取得費加算の特例を受けることができます。この特例は、相続税のうちの一定額を取得費として計上できるものです。

対象となるのは、相続開始翌日から相続税申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡した土地で、相続や遺贈によって土地を取得した人が適用を受けることができます。

ただし、相続税が課されなかった土地については適用を受けることができません。

5.土地売却の税金でよくある注意点

土地売却の際は、税制上でいくつか注意したいポイントがあります。それぞれくわしく解説していきましょう。

5-1.税金を見落として資金不足になる

土地を売却した資金の使途が決まっている場合、支払う税金の金額も考慮しておく必要があります。税金の支払いは翌年になるため、受け取ったお金を全て使ってしまうと納税時に資金が不足してしまうかもしれません。

たとえば、自宅の住み替えや住宅ローンの繰り上げ返済などを予定している場合は、あらかじめ納税に充てる金額を差し引いたうえで資金計画を立てるようにしましょう。

5-2.取得費の資料を保管していない

土地の取得費用についての資料にも注意が必要です。

土地の取得にかかった費用は、売却代金から差し引いて計算することができます。しかし、取得費用を証明できる資料がない場合は、売却代金の5％が取得費として計上されます。

もし5％以上の取得費がかかっていた場合でも証明資料がなければ認められないため、結果として支払う税金が増えてしまうリスクがあります。特に親から相続した土地などは、売却前に資料があるか探しておくとよいでしょう。

5-3.特例が使えると思い込んでいた

土地を売却する際は、特例の適用可否にも注意が必要です。

特例にはさまざまな条件が定められています。確定申告の段階になって「特例の対象外だった」ということが分かると、想定以上の税負担が発生することになります。

特例を使いたい場合は、あらかじめ条件を満たしているか確認しておくことが大切です。疑問点や不明点がある場合は、税理士や管轄の税務署へ相談しておくとよいでしょう。

5-4.所有期間を間違えて税率が高くなってしまう

土地売却による譲渡所得へ課される税率は、所有期間によって大きく異なります。中には、「長期譲渡所得に該当すると思っていたが、実際は短期譲渡所得だった」というケースも珍しくありません。

短期譲渡所得は長期譲渡所得に比べて税負担が倍近くなるため、所有期間は正しく判断することが大切です。

所有期間を判断する基準は、売却した年の1月1日です。売却日で判断することのないように注意しましょう。

5-5.特例や控除が「自動適用」されると思っている

税負担を軽減する特例や控除は、条件を満たしていても自動適用されるわけではありません。適用を受けるためには、自ら手続きを行う必要があります。

たとえば、3,000万円の特別控除を受けるためには、確定申告の際に「譲渡所得の内訳書」を添付して提出しなければなりません。確定申告は期限が定められていますので、余裕を持って手続きの準備をしておくことがおすすめです。

5-6.確定申告の期限を過ぎてしまう

確定申告を行うのは、土地を売却した翌年の2月16日から3月15日です。約1ヵ月の間に手続きを行わなければならないため、「時間ができたときにしよう」と考えていると、いつの間にか期限を過ぎてしまう恐れもあります。

もし期限を過ぎると、延滞税や無申告加算税などのペナルティが課されるリスクもあるため、必ず期限内に申告手続きを終えるようにしましょう。

6.土地売却の税金で不安な場合の対処法

土地売却で正しい税金の取り扱いをするためには、いくつかの対処法があります。それぞれくわしく確認していきましょう。

6-1.売却前に税額シミュレーションを行う

土地売却では、「思ったよりも税負担が大きかった」というケースも珍しくありません。特に短期譲渡所得であればなおさらです。
納税資金をしっかり準備しておくためにも、売却前におよそどれくらいの税額になるかシミュレーションしておくとよいでしょう。
より正確なシミュレーションを行うために、取得費や譲渡費用はなるべく正確な金額を計上するようにしてください。

6-2.不動産会社＋税理士に事前相談

土地売却にあたって「初めて確定申告を行う」という方もいるかもしれません。税金の取り扱いは専門的な知識も必要となることから、不安を感じる場合は不動産会社や税理士へ相談することがおすすめです。

もし、自己流で手続きを進めてしまうと、誤った申告内容となってしまう恐れもあります。正しい税金を納めるためにも、分からない点は専門家へ任せるようにしましょう。

6-3.特例適用の可否を必ず確認

特例の適用を受けたい場合は、事前に必ず要件を確認しておくことが大切です。特に、3,000万円の特別控除など、節税効果が大きいものは適用の可否によって納める税金も大きく異なります。

「自己判断で適用できると思っていたけど、実は要件を満たしていなかった」ということにならないよう、あらかじめ税理士へ適用の可否を確認しておくと安心です。

6-4.所有期間をきちんと確認

土地売却の税金は、所有期間によっても異なります。特に、所有期間が5年前後の場合は、5年を超えるかどうかで税負担が大きく変わります。

どれくらいの税金がかかるかきちんと把握するために、売却前に現在の所有期間を正しく把握しておきましょう。

なお、急いで売却する必要がない場合は、所有期間が5年を超えるまで待つのもひとつの方法です。

7.土地売却における税金でよくある質問

土地を売却すると必ず税金はかかりますか？

必ずかかるわけではありません。
売却価格から取得費・譲渡費用を差し引いた結果、利益（譲渡所得）が出た場合のみ税金が発生します。利益が出なければ、所得税・住民税はかかりません。

税金はいつ支払うのですか？

売却した翌年に支払います。
土地を売却した翌年の確定申告後、所得税は申告後に納付、住民税は6月頃から分割納付します。売却時に自動で差し引かれるわけではありません。

土地の所有期間はどの時点で判断されますか？

売却した年の「1月1日時点」で判断されます。
5年以下：短期譲渡所得（税率が高い）
5年超：長期譲渡所得（税率が低い）
売却日ではない点に注意が必要です。

3,000万円特別控除は誰でも使えますか？

すべての土地売却で使えるわけではありません。主に「居住用財産（マイホーム）」が対象で、投資用・更地のみの土地などは対象外となるケースがあります。

税金を安くする方法はありますか？

特例や控除を正しく使うことが最大の節税です。
・3,000万円特別控除
・軽減税率の特例
・相続取得費加算の特例
ただし、これらの適用を受けるためには、条件を満たして確定申告を行う必要があります。

8.まとめ

土地売却では、所得税・住民税をはじめ、印紙税や登録免許税など複数の税金が発生します。
特に譲渡所得にかかる税金は、所有期間の長さや控除・特例の適用可否によって負担額が大きく変わるため、売却前に正しい知識を身につけておくことが重要となります。

岐阜エリアで土地売却を検討している方は、地域事情に精通した岐阜不動産売却センターへのご相談を検討してみてはいかがでしょうか？

売却価格だけでなく、税金や手取り額まで見据えたアドバイスを受けることで、納得感のある土地売却につなげることができますよ。